Hwang Jung-eum và Kim Yong-joon (thành viên ban nhạc nam SG Wannabe) công khai mối quan hệ vào tháng 1 năm 2008.[35][36][37] Hai người gặp mặt lần đầu vào năm 2005, khi Jung-eum tham gia MV "My Heart's Treasure Box" của nhóm.[38] Tuy nhiên, ngày 15 tháng 5 năm 2015, tờ Yonhap của Hàn Quốc đã đưa tin về sự rạn vỡ trong mối quan hệ giữa hai người sau khi Jung-eum tham gia bộ phim "Kill Me, Heal Me".[39][40] Cô nàng cũng đã chính thức lên tiếng thừa nhận trong chương trình Entertainment Relay của đài KBS2.[41]. Hwang Jung-eum kết hôn với doanh nhân/golfer chuyên nghiệp Lee Young Don (b.1982) ngày 26/02/2016 sau khoảng 1 năm hẹn hò. Cặp đôi đón con trai đầu lòng ngày 15/08/2017.